曾经，未知的敌人自深海出现，少女般娇小的体型，却有着不逊于舰炮的火力。

就像曾经飞机航母撕碎了战列舰的时代，如今人类的舰队也被同样小型灵活的塞壬所摧毁。

在失去了90%以上的海域控制权后，名为碧蓝航线的联合组织最终成立，凭借着隶属于人类方的舰娘，一批又一批的指挥官，在人类与塞壬的战争最前线建立了无数港区。

依托着数十年的奋战，到了今天，人类终于初次击退塞壬，实际控制住了近海。

然而就在人类方刚能喘气时，联邦却已经开始做起了胜利后划分蛋糕的准备。

国会希望能够切实掌握碧蓝航线新生的军事力量，因此在这人类首次胜利庆祝晚宴刚刚进入尾声之时，联邦调查局开始派遣探员实地......