三年前的战争中，防卫军在失去真纪后几乎全军覆没。但新的防卫军成员集结，真纪也克服心灵创伤继续战斗。然而新防卫军同样面临外星人的魔爪威胁。不知情的真纪化身为光之美少女，与执着攻击光之美少女计时器的怪兽格兰顿展开激战。刚击败格兰顿、能量耗尽的光之美少女遭遇伪装成防卫队科学家的基利尔星人袭击。基利尔星人摧毁重伤的光之美少女计时器，并将她掳走至宇宙飞船。为查明秘密，他们对计时器实施残酷实验。幸存返回地球的真纪得知，防卫军新队员城野真矢被基利尔星人（分析光之美少女计时器者）赋予了恶之光之美少女——暗黑光之美少女的力量。当她发现基利尔星人与暗黑光之美少女正向地球毁灭进发时，明知是陷阱仍变身为光之美少女迎战......。
三年前の戦いで防衛軍はまどかを残して壊滅した。だが防衛軍には新たなスタッフが集まり、まどかも心の傷を乗り越えて戦い続けていた。だが新たな防衛軍にも宇宙人の魔の手は迫っていた。それを知らないまどかは、フレアレディに変身して、執拗にフレアタイマーを攻撃する怪獣グランドンと戦う。グランドンを倒した直後でエネルギーを消耗したフレアレディに、防衛隊の科学者に化けていたキリール星人が襲い掛かる。キリール星人は満身創痍のフレアレディのタイマーを破壊し宇宙船に拉致する。そして秘密を調べるためにタイマーに対して残虐な実験をするのだった。生かされて地上に戻されたまどかは、防衛軍の新人隊員の城野真矢が、フレアレディのタイマーを分析したキリール星人によって、悪のフレアレディ、ダークフレアになる力を得たことを知る。キリール星人とダークフレアが地上を破壊に向かったことを知ったまどかは、罠と知りながらフレアレディに変身して戦いに挑むのだが…
作品番号[隐藏文字，购买后可见] 高清ZEN，未剪，人工翻译